Scripting mit Jmol: Unterschied zwischen den Versionen
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::''... Auswahl des Atoms Nummer 1. Die Nummer eines Atoms bekommt man zum Beispiel, wenn man die Maus über ein Atom hat, nach kurzer Zeit angezeigt.'' | ::''... Auswahl des Atoms Nummer 1. Die Nummer eines Atoms bekommt man zum Beispiel, wenn man die Maus über ein Atom hat, nach kurzer Zeit angezeigt.'' | ||
| − | * <code>select (atomno=1), (atomno=2)</code> | + | * <code>select (atomno=1), (atomno=2);</code> |
| − | + | ::''... mehrere Atome werden durch Komma getrennt angegeben.'' | |
| − | * <code>select all</code> | + | * <code>select all;</code> |
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| + | Das Semikolon ist nur dann notwendig, wenn im gleichen Skript danach noch ein Befehl angehängt wird. Das wird nach einer Auswahl aber wohl meist der Fall sein. | ||
Version vom 3. Februar 2016, 15:19 Uhr
Inhaltsverzeichnis |
Das Scripting-Fenster in Jmol
Scripting hier im Wiki mit der Wiki-Exptension
Scripting ermöglicht hier im Wiki den Eingriff in ein mit JSmol eingebundenes Bild. Man kann verschiedene Bedienelemente verwenden, wie Knöpfe, AuswahlKästchen (CheckBoxen) und Optionsknöpfe (RadioButton).
In speziellen Script-Tags werden dann die Befehle eingegeben, wie man sie auch in Jmol direkt verwenden kann. Mehrere Befehle werden jeweils durch ein Semikolon getrennt.
Hier wird die Datei Benzol.cml angezeigt. Zusätzlich wird beim Laden ein kleines Script ausgeführt, dass festlegt, wie das Molekül dargestellt wird.
<jmol> <jmolApplet> <size>500</size> <script>spacefill on; spacefill 20%; wireframe 0.1</script>
<uploadedFileContents>Benzol.cml</uploadedFileContents> </jmolApplet> </jmol>
Bedienelemente werden mit dem gleichen Tag eingeschlossen, wie beim Laden und Anzeigen eines Bildes. Bei einem Bild pro Seite wird dieses damit angesprochen. Hier geht es um ein Kreuzchen, dass man setzen oder entfernen kann, um die automatische Drehung zu starten oder zu stoppen. Es sind zwei getrennte, sehr kleine Skripte.
<jmol>
<jmolCheckbox>
<scriptWhenChecked>spin on</scriptWhenChecked>
<scriptWhenUnchecked>spin off</scriptWhenUnchecked>
<text>Spin an/aus</text> </jmolCheckbox> </jmol>
Konkrete Beispiele
LCAOCartoon nutzen
LCAOCartoon ist eine vereinfachte Möglichkeit zur Darstellung Atomorbitalen. Im Gegensatz zu den meist komplizierten Molekül-Orbitalen kann man hier einfach und schnell in ein Bild Atomorbitale einblenden und so - für Schüler ausreichend - mehrere Atomorbitale einblenden, die durch Überlappung das Zustandekommen von Bindungen ermöglicht. Man braucht kein spezielles Format mit zusätzlichen Informationen.
Die Einblendung der Orbitale wird dabei vom Benutzer/Programmierer gesteuert und man bei jedem Atom jedes Orbital anzeigen lassen, auch wenn es keinen Sinn macht. Ein sp³-Hybrid-Orbital bei einem H-Atom anzeigen ... kein Problem!
Auswahl der Atome
Wie auch sonst in Jmol muss man angeben, welche Atom bzw. welcher Atomkern, als Mittelpunkt für das Orbital genutzt werden soll.
Es gibt mehrere Möglichkeiten Atome auszuwählen, um bei ihnen ein Atomorbital anzeigen zu lassen.
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select (atomno=1);
- ... Auswahl des Atoms Nummer 1. Die Nummer eines Atoms bekommt man zum Beispiel, wenn man die Maus über ein Atom hat, nach kurzer Zeit angezeigt.
-
select (atomno=1), (atomno=2);
- ... mehrere Atome werden durch Komma getrennt angegeben.
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select all;
- ... Auswahl aller Atome.
Das Semikolon ist nur dann notwendig, wenn im gleichen Skript danach noch ein Befehl angehängt wird. Das wird nach einer Auswahl aber wohl meist der Fall sein.
