Jmol-Wiki-Extension: Unterschied zwischen den Versionen

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In diesem Artikel wird beschrieben wie die '''[[Jmol]]-Extension''' für die Wiki-Software verwendet werden kann.
 
In diesem Artikel wird beschrieben wie die '''[[Jmol]]-Extension''' für die Wiki-Software verwendet werden kann.
  
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Man kann damit zum Beispiel cml-Dateien dynamisch hier auf einer Wiki-Seite anzeigen, und das Molekül von allen Seiten betrachten. Hochgeladene CML-Dateien sind hier im Wiki in der Kategorie [[:Kategorie:CML-Datei]]
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Man kann damit zum Beispiel cml-Dateien dynamisch hier auf einer Wiki-Seite anzeigen, und das Molekül von allen Seiten betrachten. Hochgeladene CML-Dateien sind hier im Wiki in der Kategorie [[:Kategorie:CML-Datei]] zu finden.
  
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== Einfache Anwendung ==
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{{Kurzregel|'''UPDATE:''' Die Jmol-Wiki-Extensino wurde durch die Jsmol-Extension ersetzt. Dies macht die Zeichnungen auch auf Tablets und anderen mobilen Geräten nutzbar. Und man ist nicht mehr von Java und dessen Sicherheitsproblemen abhängig. Allerdings führte das dazu, dass auf Seiten mit mehr als einem Bild nur das erste zu sehen ist. Das wird mit einer neueren Version vermutlich besser werden.}}
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== Wie man ein Bild anzeigt ==
  
 
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Links ist nun eine interaktive 3D-Zeichung eingebettet, das Molekül lässt sich mit der '''linken Maustaste festhalten und drehen'''. Mit dem '''Mausrad kann man das Bild vergrößern oder verkleinern'''.
  
 
Um die Zeichnung links zu erhalten, muss man folgendes im Code stehen haben:
 
Um die Zeichnung links zu erhalten, muss man folgendes im Code stehen haben:
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Bisher gibt es nur die Möglichkeit quadratische Zeichnungen einzubinden. Und bei diesem Aufruf wird immer die Voreinstellung zur Darstellung verwendet, nämlich ein Kugel-Stab-Modell.
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Kopieren Sie also diesen Code einfach und fügen es auf Ihrer Wiki-Seite ein. Bisher gibt es nur die Möglichkeit quadratische Zeichnungen einzubinden, die Größe/Breite der Zeichnung in Pixel wird <code><size>300</size></code> bestimmt.  
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Bei diesem Aufruf wird immer die Voreinstellung zur Darstellung verwendet, nämlich ein Kugel-Stab-Modell. Weitere Einstellungen sind über ein Script möglich, dass in diesen Bereich eingefügt wird. Wie das geht wird auf einer Extra-Seite (siehe unten - Scripting) erklärt.
  
 
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Um ein anderes Molekül darzustellen, zeichnen Sie es in einem Programm wie [[Avogadro]], speichern es als cml-Datei ab, laden es hier hoch und tragen dann den Namen der Datei ein. Im Beispiel-Code für dieses Beispiel müssen Sie also <code>CisDecen.cml</code> ersetzen.
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Um '''ein anderes Molekül darzustellen''', zeichnen Sie es in einem Programm wie [[Avogadro]], speichern es als cml-Datei ab, laden es hier hoch und tragen dann den Namen der Datei ein. Im Beispiel-Code für dieses Beispiel müssen Sie also <code>CisDecen.cml</code> ersetzen. Allerdings wurden schon einige Dateien hochgeladen, die man in der Übersicht zur [[:Kategorie:CML-Datei]] findet. Merken Sie sich den Namen des Moleküls/der Datei und verwenden ihn im Code oben.
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== Scripting ==
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Um die Darstellung im Jmol-Bild zu verändern, oder per Knopf eine Änderung der Darstellung zu ermöglichen, kann Scripting genutzt werden.
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Auf [[Frau_Lachner/Oberstufe/Testseite_zu_Darstellung_von_Orbitalen|dieser Test-Seite]] wurden einige Knöpfe und auch Checkboxen ausprobiert. Zu einer besseren Darstellung müssen die Bedienelemente nicht im gleichen <nowiki><jmol></nowiki>-Tag eingebaut werden sondern können davon getrennt eingebaut werden. Das ermöglicht es, zwischen einzelnen Schaltelementen auch Text und statische Bilder einzufügen um zusätzliche Erklärungen zu geben.
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== Skripting ==
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Auf [http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki/ExtensionV3 dieser Seite] gibt es Informationen dazu, wie man Knöpfe und andere Formular-Elemente einbauen. Beispielseiten sind [http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_MediaWiki_Extension hier] und [http://wiki.jmol.org/index.php/User:Bduke hier mit ein paar mehr Beispielen].
  
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Informationen zu Scripting zu Jmol allgemein gibt es auf diesen Seiten:
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* [http://www.bioc.uzh.ch/plueckthun/nanowelt/Jmol/ Deutsches Tutorial] mit einigen interaktiven Beispielen zur Anwendung von Scripten.
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* [http://jmol.sourceforge.net/docs/surface/ Seite speziell zu Oberflächen], aber nicht so gut erklärt.
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* [http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=14.2 Gesamte Dokumentation zu Jmol]
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** Abschnitt speziell zu [http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=14.2#lcaocartoon LCAoCartoon]
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* [http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/examples-11/lcao.htm Beispiel-Seite] zum LCAOCartoon-Befehl in der JmolDokumentation.
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* Englisches Video zum[https://www.youtube.com/watch?v=nnar8ozhPbc Zeichnen, zur Darstellung von Atomorbitalen und Orbitalen in Molekülen].
  
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Vermutlich ist es sinnvoll, pro Seite nur eine Jsmol-Zeichnung einzubinden, damit es möglich flott ist und nicht zu sehr ruckelt.
  
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{{Kurzregel|'''Eine ausführliche Anleitung für das Scripting mit Jmol''' - was nicht nur für die Wiki-Extension sondern auch im alleine laufenden Jmol nutzbar ist - ist auf [[Scripting mit Jmol|dieser Seite]] verfügbar.}}
  
 
== Weitere Informationen auf dem Jmol-Wiki ==
 
== Weitere Informationen auf dem Jmol-Wiki ==
  
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* http://wiki.jmol.org/index.php/MediaWiki
  
  
 
[[Kategorie:Software]][[Kategorie:Hilfe-Seiten]][[Kategorie:Wiki-Hilfe-Seiten]]
 
[[Kategorie:Software]][[Kategorie:Hilfe-Seiten]][[Kategorie:Wiki-Hilfe-Seiten]]
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[[Kategorie:Jmol]]

Aktuelle Version vom 4. Februar 2016, 07:59 Uhr

In diesem Artikel wird beschrieben wie die Jmol-Extension für die Wiki-Software verwendet werden kann.

Man kann damit zum Beispiel cml-Dateien dynamisch hier auf einer Wiki-Seite anzeigen, und das Molekül von allen Seiten betrachten. Hochgeladene CML-Dateien sind hier im Wiki in der Kategorie Kategorie:CML-Datei zu finden.

UPDATE: Die Jmol-Wiki-Extensino wurde durch die Jsmol-Extension ersetzt. Dies macht die Zeichnungen auch auf Tablets und anderen mobilen Geräten nutzbar. Und man ist nicht mehr von Java und dessen Sicherheitsproblemen abhängig. Allerdings führte das dazu, dass auf Seiten mit mehr als einem Bild nur das erste zu sehen ist. Das wird mit einer neueren Version vermutlich besser werden.


Wie man ein Bild anzeigt

Ein Beispiel:

       

Links ist nun eine interaktive 3D-Zeichung eingebettet, das Molekül lässt sich mit der linken Maustaste festhalten und drehen. Mit dem Mausrad kann man das Bild vergrößern oder verkleinern.

Um die Zeichnung links zu erhalten, muss man folgendes im Code stehen haben: 

<jmol>
 <jmolApplet>
  <size>300</size>
  <uploadedFileContents>CisDecen.cml</uploadedFileContents>
 </jmolApplet>
</jmol>

Kopieren Sie also diesen Code einfach und fügen es auf Ihrer Wiki-Seite ein. Bisher gibt es nur die Möglichkeit quadratische Zeichnungen einzubinden, die Größe/Breite der Zeichnung in Pixel wird <size>300</size> bestimmt.

Bei diesem Aufruf wird immer die Voreinstellung zur Darstellung verwendet, nämlich ein Kugel-Stab-Modell. Weitere Einstellungen sind über ein Script möglich, dass in diesen Bereich eingefügt wird. Wie das geht wird auf einer Extra-Seite (siehe unten - Scripting) erklärt.

Um ein anderes Molekül darzustellen, zeichnen Sie es in einem Programm wie Avogadro, speichern es als cml-Datei ab, laden es hier hoch und tragen dann den Namen der Datei ein. Im Beispiel-Code für dieses Beispiel müssen Sie also CisDecen.cml ersetzen. Allerdings wurden schon einige Dateien hochgeladen, die man in der Übersicht zur Kategorie:CML-Datei findet. Merken Sie sich den Namen des Moleküls/der Datei und verwenden ihn im Code oben.

Scripting

Um die Darstellung im Jmol-Bild zu verändern, oder per Knopf eine Änderung der Darstellung zu ermöglichen, kann Scripting genutzt werden.

Auf dieser Test-Seite wurden einige Knöpfe und auch Checkboxen ausprobiert. Zu einer besseren Darstellung müssen die Bedienelemente nicht im gleichen <jmol>-Tag eingebaut werden sondern können davon getrennt eingebaut werden. Das ermöglicht es, zwischen einzelnen Schaltelementen auch Text und statische Bilder einzufügen um zusätzliche Erklärungen zu geben.


Auf dieser Seite gibt es Informationen dazu, wie man Knöpfe und andere Formular-Elemente einbauen. Beispielseiten sind hier und hier mit ein paar mehr Beispielen.

Informationen zu Scripting zu Jmol allgemein gibt es auf diesen Seiten:

Vermutlich ist es sinnvoll, pro Seite nur eine Jsmol-Zeichnung einzubinden, damit es möglich flott ist und nicht zu sehr ruckelt.

Eine ausführliche Anleitung für das Scripting mit Jmol - was nicht nur für die Wiki-Extension sondern auch im alleine laufenden Jmol nutzbar ist - ist auf dieser Seite verfügbar.


Weitere Informationen auf dem Jmol-Wiki

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