Jmol-Wiki-Extension
In diesem Artikel wird beschrieben wie die Jmol-Extension für die Wiki-Software verwendet werden kann.
Man kann damit zum Beispiel cml-Dateien dynamisch hier auf einer Wiki-Seite anzeigen, und das Molekül von allen Seiten betrachten. Hochgeladene CML-Dateien sind hier im Wiki in der Kategorie Kategorie:CML-Datei
Einfache Anwendung
Ein Beispiel:
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Um die Zeichnung links zu erhalten, muss man folgendes im Code stehen haben: <jmol> <jmolApplet> <size>300</size> <uploadedFileContents>CisDecen.cml</uploadedFileContents> </jmolApplet> </jmol> Bisher gibt es nur die Möglichkeit quadratische Zeichnungen einzubinden. Und bei diesem Aufruf wird immer die Voreinstellung zur Darstellung verwendet, nämlich ein Kugel-Stab-Modell. Per Rechtsklick kann man aber über das Kontext-Menü viele Änderungen vornehmen. |
Um ein anderes Molekül darzustellen, zeichnen Sie es in einem Programm wie Avogadro, speichern es als cml-Datei ab, laden es hier hoch und tragen dann den Namen der Datei ein. Im Beispiel-Code für dieses Beispiel müssen Sie also CisDecen.cml ersetzen.
Skripting
Um die Darstellung im Jmol-Bild zu verändern, oder per Knopf eine Änderung der Darstellung zu ermöglichen, kann Skripting genutzt werden.
Auf dieser Seite gibt es Informationen dazu, wie man Knöpfe und andere Formular-Elemente einbauen. Beispielseiten sind hier und hier mit ein paar mehr Beispielen.
Informationen zu Scripting zu Jmol allgemein gibt es auf diesen Seiten:
- Deutsches Tutorial mit einigen interaktiven Beispielen zur Anwendung von Scripten.
- Seite speziell zu Oberflächen, aber nicht so gut erklärt.
- Gesamte Dokumentation zu Jmol
- Beispiel-Seite zum LCAOCartoon-Befehl in der JmolDokumentation.
- Englisches Video zumZeichnen, zur Darstellung von Atomorbitalen und Orbitalen in Molekülen.
